Les membres de la Commission et toutes les autres personnes qui l'assistent dans l'exécution d'un mandat d'établissement des faits sont dans l'obligation, pendant et après l'exécution de leur mandat, de garder le secret sur toutes les informations dont elles ont eu connaissances pendant l'accomplissement de leur tâche. La procédure prévoit que la Commission soumet aux parties un rapport sur ses conclusions. Ce rapport est traité dans la plus stricte confidentialité, à moins que toutes les parties au conflit n'en décident autrement.

Dans le respect de son devoir de confidentialité, la Commission peut publier, chaque fois qu'elle le considère opportun, un rapport général sur ses activités à l'intention des gouvernements des Hautes Parties contractantes aux Conventions de Genève. De tels rapports ont été rédigés par le Président de la Commission à l'occasion des conférences diplomatiques des États ayant reconnu la compétence de la Commission qui se sont tenues en 1996 et en 2001. De plus, la Commission publie des rapports sur des exercices de formation interne et sur sa participation en qualité d'observatrice à des réunions internationales.