Les bases légales de la Commission sont dans l'art. 90 du Premier Protocole additionnel de 1977 aux Conventions de Genève de 1949. Cet article prévoit l'établissement du Commission internationale humanitaire d'établissement des faits à condition que vingt États parties aient accepté la compétence de la Commission.

La première réunion annuelle constitutive de la Commission s'est tenue en mars 1992 et, lors de la réunion du 8 juillet 1992, les membres de la Commission ont adopté son Règlement intérieur conformément aux dispositions de l'art. 90 al. 6 du Premier Protocole additionnel.

Lors de la Conférence internationale sur les procédures financières concernant les dépenses administratives de la Commission qui s'est tenue les 8 et 9 septembre 1993, les États parties ont adopté un règlement financier qui remplace l'accord provisoire du 25 juin 1991 sur le financement des dépenses administratives de la Commission et dont la durée de validité était limitée au 30 septembre 1994.