Le Gouvernement suisse fournit à la Commission les services administratifs nécessaires à l'accomplissement de ses fonctions. Les dépenses administratives de la Commission sont couvertes par des contributions des Etats qui ont fait la déclaration prévue par le Protocole et par des contributions volontaires.
Les Etats parties ont adopté un Règlement financier qui, pour l'essentiel, adopte la clef de répartition établie par l'Assemblée générale des Nations Unies pour les dépenses de l'Organisation. La ou les Parties à un conflit qui demandent une enquête doivent avancer les fonds nécessaires pour les dépenses encourues par une Chambre et doivent être remboursées par la ou les Parties contre lesquelles les allégations ont été portées à concurrence de 50% des frais de la Chambre. Si des allégations contraires sont présentées à la Chambre, chaque Partie devra avancer 50% des fonds nécessaires.
